L'organo a canne principale della chiesa è stato costruito dall'organaro veronese Diego Bonato su progetto di Paolo Oreni; è stato inaugurato con una serie di concerti tra il 5 e il 26 ottobre 2013; successivamente su indicazione del M° Jean Guillou, alla cui estetica sonora è ispirato, è stato rivisto in alcune caratteristiche dall'organaro Klais di Bonn.
Lo strumento è a trasmissione elettronica e conta 91 registri su quattro tastiere e pedaliera per un totale di oltre 5000 canne.
Esso si articola in due corpi contrapposti, ciascuno su una cantoria a ridosso delle pareti di fondo del transetto; il materiale fonico è accolto all'interno di due casse gemelle, con mostra composta da canne in metallo di Principale 16', con bocche a scudo, delle quali alcune sporgenti in alto.
Alla consolle dell'organo Bonato è collegato elettronicamente anche l'organo Balbiani Vegezzi-Bossi, che ne costituisce la sezione Corale.
La consolle è mobile e indipendente, ed è situata a pavimento nella navata centrale; essa dispone di quattro tastiere di 61 note (Do1-Do6) e pedaliera concavo-parallela di 32 note (Do1-Sol3). I registri, le unioni, gli accoppiamenti e gli annullatori sono azionati da placchette a bilico poste su più gradoni, ai lati dei manuali.
I - POSITIVO APERTO
Quintaton 16'
Principale 8'
Flauto a camino 8'
Corno di camoscio 4'
Flauto a fuso 4'
Doublette 2'
Larigot armonico 1.1/3'
Settima 1.1/7'
Nona 8/9'
Sesquialtera II
Aliquot IV
Cymbale III
Ranquette 16'
Cornopean 8'
Cromorno 8'
Tremolo
I - CORALE ESPRESSIVO
(Balbiani, assegnabile anche a III)
Principale 8'
Dulciana 8'
Voce celeste 8'
Pastorale 16'
Ottava 4'
Decimaquinta 2'
Ripieno IV
II - GRAND'ORGANO
Principale 16'
Principale 8'
Flauto di concerto 8'
Bordone 8'
Gamba 8'
Quinta 5.1/3'
Ottava 4'
Flauto traverso 4'
Terza 3.1/5'
Decimaseconda 2.2/3'
Decimaquinta 2'
Cornetto II-V
Grand fourniture IV
Plein jeux V
Tromba 16'
Tromba 8'
Tromba 4'
Tremolo
III - RECITATIVO ESPR.
Bordone 16'
Principale 8'
Corno di notte 8'
Viola 8'
Eolina 8'
Voce angelica III
Flauto ottaviante 4'
Fugara 4'
Ottavino 2'
Fagotto 16'
Tromba armonica 8'
Oboe 8'
Voix humaine 8'
Clarone armonico 4'
Tremolo
IV - SOLO
Violone 16'
Diapason 8'
Flauto armonico 8'
Violoncello 8'
Flauto armonico 4'
Nazardo armonico 2.2/3'
Ottavino armonico 2'
Terza armonica 1.3/5'
Piccolo armonico 1'
Progressione V
Clarinetto 8'
Tremolo
ASSEGNABILI
Tuba magna 16'
Tuba episcopale 8'
Chamade 16'
Chamade 8'
Chamade 4'
PEDALE
Subbasso 32'
Flauto aperto 16'
Principale 16'
Subbasso 16'
Bordone 16'
Violone 16'
Gran quinta 10.2/3'
Basso 8'
Flauto 8'
Bordone 8'
Flauto largo 4'
Flauto 2'
Tiorba III
Controbombarda 32'
Bombarda 16'
Tromba 16'
Fagotto 16'
Tromba 8'
Baryton 8'
Clarone 4'
Schalmey 4'
PEDALE CORALE (Balbiani)
Bordone 16'
Corno 4'